A história da Aliança Navegação e Logística se confunde com a própria história da navegação comercial brasileira. Fundada no ano 1950 pelo alemão Carl Fischer, a Aliança operava inicialmente com apenas um navio que transportava frutas entre o Brasil e a Argentina. Com a Aliança, Carl Fischer fez da empresa a única companhia privada daquela época que realizava o transporte por cabotagem.Fortalecido pela filosofia de reinvestir seus lucros e modernizar-se constantemente, em 1959, a empresa obteve um crescimento acelerado, atingindo 50% do mercado de bandeira brasileira no transporte de carne resfriada ligando Brasil e Argentina, firmando assim sua presença no Mercosul. Entre 1965 e 1991, a companhia encomendou 30 navios, sendo que a maioria no Brasil. Em 1967, a Aliança, considerada a maior empresa privada de cabotagem, passou a atuar também no transporte de longo curso que atendia aos portos do Atlântico Europeu. Após 1991, se expandiu também para o mercado americano. Em 1998, a Aliança foi adquira pelo Grupo Oetker, proprietária da empresa de navegação Hamburg Süd, e ampliou sua atuação incluindo novas escalas ligando o Golfo do México, Europa, América Central, Caribe, Ásia e Brasil.Em agosto de 1999, acreditando na oportunidade da retomada do transporte de carga na cabotagem, a Aliança investiu e foi uma das pioneiras na reconquista da movimentação de cargas conteinerizadas entre portos brasileiros.
