Em 11 de março de 1808, logo após a chegada da família real portuguesa ao Brasil, D. João VI criou a Secretaria de Estado dos Negócios da Marinha e Domínios Ultramarinos. O Visconde de Anadia, João Rodrigues de Sá e Mello de Menezes e Sottomayor, foi nomeado o primeiro titular da pasta. Esse órgão, criado inicialmente no Rio de Janeiro para gerir as necessidades da Marinha portuguesa no Brasil, foi o precursor do que se tornaria o Ministério da Marinha no Império e, posteriormente, o Comando da Marinha na estrutura do Ministério da Defesa.