A história do Porto de Salvador, também conhecido como Porto do Brasil, confunde-se com a da fundação da cidade e criação da primeira Alfândega do Brasil, instituída oficialmente em 1549, quando da oficialização do Governo-Geral. A iniciativa da Coroa portuguesa tinha, como objetivo, estabelecer um projeto mais coerente para a colonização do Brasil, controlando a exploração e a ocupação do território.